Jan St. Werner ist Mitbegründer der Musikgruppe Mouse on Mars und veröffentlicht Musik unter eigenem Namen über die Edition Fiepblatter Katalog, vertrieben von Thrill Jockey Records, Chicago. Mitte der 1990er war er Teil des Kölner Kollektivs A-Musik, hat mit Markus Popp (Oval) als Microstoria zusammengearbeitet und Musik für die Künstlerin Rosa Barba entwickelt. Von 2006 bis 2008 war Werner künstlerischer Leiter des niederländischen Studios für Elektro-Instrumentalmusik STEIM. Werner realisierte Klanginterventionen und Ausstellungen in Kunsträumen wie der Staatlichen Kunsthalle Baden-Baden (2023), im Lenbachhaus München (2023), im HKW Berlin (2021), bei der 6. Ural Industrial Biennale, Ekaterinburg (2021), der documenta 14 Athen und Kassel (2017), dem Institute of Contemporary Arts: ICA, London 2009 und der Kunsthalle Düsseldorf 2004. Er war unter anderem Visiting Lecturer am MIT Massachusetts Institute of Technology (2017, 2016). Von 2017 bis 2021 war er Professor an der Akademie der Bildenden Künste Nürnberg. Dort initiierte er mit Michael Akstaller 2017 die Klasse für Dynamische Akustische Forschung, die seit 2021 als eigenständiges Kollektiv DAF agiert. Jan St. Werner lebt in Berlin.